Após o golpe de 1964 e as exonerações de Celso Furtado e do adjunto Chico de Oliveira, ocorrem demissões em massa de técnicos e servidores da Sudene “subversivos”, acusados ou suspeitos de serem comunistas ou de ligações com o “Partidão” ou ao governo João Goulart. O regime de 64 demite dezenas de servidores. Entre eles, técnicos que se tornaram expressões acadêmicas e em suas profissões: Abelardo Baltar (economista), Abelardo Caminha (economista, do PCB), Délio Mendes (sociólogo, do PCB) e Chico de Oliveira (sociólogo, economista, fundador do PT e hoje do PSOL).
No dia 7 de abril de 1964, uma semana depois do golpe militar que derrubou o presidente João Goulart, Chico de Oliveira foi preso ao sair da casa do ex-superintendente da Sudene Celso Furtado. Durante três meses ficou detido no Recife. Ao ser libertado, decidiu ir para Rio de Janeiro. Seria depois um dos mais importantes sociólogos brasileiros e professor titular de Sociologia (hoje, aposentado) da Universidade de São Paulo (USP).
Os técnicos e conselheiros da Sudene não demonstravam suspeitas, temor ou sinais de apreensão nas atividades e reuniões transcritas nas atas, nos três meses de 1964 que antecederam o 31 de março/1º de abril. Nas reuniões, todavia, ficava claro o interesse e o envolvimento cada vez maior de agências de fomento e programas norte-americanos.
No ano de 1963, a influência progressiva já é sentida nas atas com as ordens do dia e novos projetos apresentados das reuniões. Exemplo é a aprovação do reaparelhamento técnico e administrativo das Secretarias de Educação para adequarem-se ao Plano Trienal de Educação e aos acordos entre a Sudene, MEC e Usaid. Nesta reunião, o governador Miguel Arraes discorre sobre a Aliança para o Progresso, revelando satisfação pelos entendimentos para um programa de habitação no Nordeste.
Há o encaminhamento da proposta de financiamento para reequipar o DER-BA, através da Aliança, e de convênio com o programa norte-americano para pavimentar a BR-11. Na educação, convênios da Sudene com a Usaid para melhoria do ensino primário e de base no Ceará, Bahia e Maranhão.
Na 43º reunião, em 13 de dezembro, a última do ano, Gilberto Freyre lembra “a tragédia do assassinato de John Kennedy”, que diz “afetar o Nordeste” e pede um minuto de silêncio em homenagem ao presidente norte-americano.
