“Em face dos acontecimentos políticos que culminaram com o movimento de 31 de março, fui designado a 4 de abril, pelo general Justino Alves, para assumir a direção da Sudene.” O trecho faz parte do comunicado do general Manoel Expedito Sampaio e novo superintendente da Sudene, feito pelo próprio oficial, aos conselheiros da autarquia, em 6 de maio de 1964, na 47ª Reunião ordinária da instituição. O general Justino havia sido o comandante militar do Golpe de 1964 em Pernambuco. O comunicado integra a ata da primeira reunião do Conselho Deliberativo da Sudene após o movimento militar.
Entre os muitos novos conselheiros, diversos oficiais de patentes inferiores – coronel, major – também eram apresentados, representando órgãos públicos federais regionais ou de abrangência nacional, na condição de novos dirigentes. “Em decorrência do vitorioso movimento de 31 de março, operou-se a substituição do superintendente e de vários funcionários da autarquia nas respectivas funções de chefia. Assim é que fêz-se mister a substituição do superintendente substituto (sociólogo Chico de Oliveira) ... (...) tendo em vista a situação fática decorrente da própria revolução e da imperiosa necessidade de cercar-se de elementos em quem pudesse depositar total confiança, designo o funcionário do Ministério da Agricultura, Dr. Aloísio Fragoso Costa”, apresentou a secretaria-executiva da Sudene a proposição do novo superintendente-adjunto, aprovado por unanimidade.
Com a ditadura consolidada, em 3 de junho, na 48ª Reunião, presidida pelo coronel e governador do Ceará, Virgílio Távora, no desenrolar dos trabalhos, é feita a leitura do decreto do primeiro presidente pós-golpe militar, o general Humberto de Alencar Castelo Branco, exonerando da representação do Estado Maior das Forças Armadas (EMFA) no Conselho Deliberativo da Sudene, o general Augusto da Matta. Nas atas das sessões, sob a superintendência de Celso Furtado, são registradas as manifestações do oficial militar do EMFA debatendo, apresentando proposições e se dispondo sempre a colaborar com as decisões da autarquia. Na mesma ata do dia 3 de junho, a ordem do dia já consta com uma multiplicação de convênios e financiamentos aprovados entre o Brasil e a Agência dos Estados Unidos para o Desenvolvimento Internacional (Usaid), destinados a obras, escavação de poços e compra de equipamentos.
Três meses antes, em 4 de março, o economista, idealizador e primeiro superintendente Celso Furtado havia comandado a última sessão do Conselho Deliberativo da Sudene da fase pré-golpe. Na ocasião, o sociólogo e representante do Ministério da Educação e Cultura (MEC), Gilberto Freyre, manifestou um protesto pelo episódio ocorrido no dia 24 de fevereiro, quando os conselheiros chegavam para uma reunião extraordinária. “Regozijo-se com a reunião secreta para tratar problemas delicados para a Região e o País”, ironiza Freyre, para em seguida condenar manifestantes que “exprimiam suas opiniões ideológicas”, mas que estariam “armados de porretes”. O conselheiro acusa ter havido “negligência” da Secretaria de Segurança Pública (SSP), porém, ressalvou – em tom também irônico – que considerava ter havido desconhecimento por parte do governador Miguel Arraes.
“Involuntária desconsideração pelo Conselho e involuntário desapreço pelos conselheiros”, avaliou. Conselheiros argumentaram que a manifestação não era dirigida à Sudene e sim ao Instituto de Aposentadoria e Pensões dos Industriários (Iapi), numa disputa de comando interno, e cujo prédio-sede foi também a primeira sede da autarquia. Freyre, porém, não se convenceu.
O golpe de 1964 colocaria fim ao que Celso Furtado tinha prenunciado, na 44ª Reunião, em 10 janeiro, a “um ano de intensa atividade no Nordeste”, considerando que em 1963 mais da metade dos recursos do II Plano Diretor (1963-1965) haviam sido aplicados. Na 45ª Reunião, em 14 de fevereiro, o governador da Bahia, Lomanto Júnior, comunica que no dia 29 do mês os governadores de todo o País iriam se reunir para discutir “uma nova discriminação de rendas entre os Estados”.