Confirmado como o novo técnico do Sport, Eduardo Baptista já inicia os trabalhos no clube rubro-negro na tarde desta quinta-feira (16). Será a segunda passagem do treinador de 46 anos pelo Leão da Ilha. Ele esteve no comando do clube entre 2014 e 2015, quando conquistou seus primeiros e únicos títulos na função de comandante de um time de futebol.
No ano em que foi efetivado no cargo, Baptista levou a equipe ao título da Copa do Nordeste. A decisão foi disputada em jogos de ida e volta. No primeiro duelo, em 2 de abril, o Ceará venceu o rubro-negro por 1x0. No segundo, porém, realizado em 9 do mesmo mês, o Leão triunfou por 2x1 e acabou erguendo o troféu.
Também em abril de 2014, Eduardo Baptista conduziu o Leão da Ilha do Retiro a outro título. Depois de empatar com o Náutico por 0x0 na ida, o Sport bateu o Timbu por 2x1 na volta e ergue mais uma taça de Campeão Pernambucano.
Em 2015, o treinador começou o ano no Sport conquistando a primeira edição do torneio amistoso Taça Ariano Suassuna. Na partida única, realizada na Arena de Pernambuco, os rubro-negros superaram o Nacional, do Uruguai, por 2x1.
O segundo ano de Baptista no Sport também foi marcado pelo bom começo na Série A do Campeonato Brasileiro. A equipe acumulou 11 jogos consecutivos sem derrotas, sendo seis vitórias e cinco empates. O primeiro tropeço só aconteceu na 12ª rodada, por 2x1, contra o Atlético-MG.
O treinador anunciou a saída do Leão em setembro de 2015, na 26ª rodada do Brasileirão. Apesar de ter declarado que não trocaria o Sport por proposta nenhuma, acabou indo para o Fluminense. No Tricolor das Laranjeiras, ficou até 2016. Acumulou passagens ainda pela Ponte Preta (duas vezes), Palmeiras, Atlético-PR e Coritiba. Ele foi demitido do Coxa no último dia 11, após a equipe empatar com o Sampaio Corrêa, vice-lanterna da Série B do Campeonato Brasileiro.