A diretoria alvirrubra decidiu encerrar o vínculo do técnico Márcio Goiano, em uma reunião logo depois da derrota para o Ferroviário, por 1 x 0, que impossibilitou o Náutico chegar ao G-4 da Série C do Campeonato Brasileiro, poucos dias antes dele completar um ano no treinando o elenco alvirrubro. O treinador comandou o Timbu em 43 partidas, acumulando 23 vitórias, 10 empates e 10 derrotas, ficando 61,2% de aproveitamento.
"A gente está aqui para comunicar que o resultado não agradou e após uma reunião nós decidimos que o trabalho de Márcio Goiano encerra um ciclo. O clube agradece aos trabalhos do treinador e agora vamos iniciar um novo ciclo, que começa na quarta-feira contra o Campinense (jogo de volta da seletiva da Copa do Nordeste)", pronunciou, o vice-presidente executivo do Náutico, Diógenes Braga.
Anunciado no dia 20 de maio de 2018, Márcio Goiano chegou com o Náutico na zona de rebaixamento da Série C, com apenas quatro pontos, e terminou a fase de grupos na liderança. Mesmo não conseguindo vencer o Bragantino (derrota por 3x1 e empate por 1x1), na disputa pelo acesso, teve o trabalho elogiado e renovou contrato para a temporada de 2019.
Na atual temporada, o desempenho teve com altos e baixos. A equipe alvirrubra foi eliminada na segunda fase da Copa do Brasil, nos pênaltis, em um clássico contra o Santa Cruz, e 'bateu na trave' no Campeonato Pernambucano, perdendo o título para o Sport também na penalidades máximas.
Entretanto, o treinador conseguiu avançar para o mata-mata da Copa do Nordeste, pela primeira vez, desde o retorno da competição, em 2013. A queda, justamente, para o time paraibano na semifinal, marcou o fim da passagem de Márcio Goiano nos Aflitos.
Apesar da demissão, o técnico teve duas sequências de invencibilidade, durante a trajetória pelo clube pernambucano. A primeira aconteceu no Campeonato Brasileiro do ano passado, quando a equipe da Rosa e Silva passou 10 jogos sem perder, e a segunda, no decorrer da atual temporada, foram 18 confrontos invictos, chegando a ser a maior do Brasil em 2019.