Se o ataque é o ponto forte do Náutico na temporada, sendo o segundo mais positivo do Brasil, o sistema defensivo tem sido o grande calo do Timbu. Das 60 equipes que compõem as Séries A, B e C do Campeonato Brasileiro, o time alvirrubro tem a defesa que mais sofreu gols. Em 12 jogos, o Náutico levou 16 gols, tendo uma média de mais de um gol sofrido por jogo.
Dos 16 gols sofridos pelo Náutico na temporada, oito foram no Campeonato Pernambucano, seis na Copa do Nordeste e dois na Copa do Brasil. Atrás do Timbu com os piores números defensivos das três principais divisões do país em 2019, estão o Boa Esporte, Sampaio Corrêa e Ferroviário-CE, com 14 gols sofridos, ambos vão disputar a Série C do Campeonato Brasileiro deste ano.
O desempenho dos defensores alvirrubros tem refletido diretamente dentro de campo. O treinador Márcio Goiano, que atuava como zagueiro quando era jogador profissional, já testou 12 jogadores diferentes no sistema defensivo alvirrubro. Dois goleiros, quatro zagueiros e seis laterais, sendo desses dois jogadores improvisados.
Goleiros: Bruno e Luiz Carlos.
Zagueiros: Suéliton, Camutanga, Rafael Ribeiro e Diego Silva.
Laterais direitos: Hereda, André Krobel e Rhaldney (improvisado).
Laterais esquerdos: Assis, Gabriel Araújo e Josa (improvisado).
Náutico - 16 gols sofridos em 12 jogos
Boa Esporte - 14 gols sofridos em 8 jogos
Sampaio Corrêa - 14 gols sofridos em 9 jogos
Ferroviário -14 gols sofridos em 13 jogos
Bragantino - 13 gols sofridos em 8 jogos
Bahia - 13 gols sofridos em 13 jogos
São Bento - 12 gols sofridos em 8 jogos
Corinthians - 12 gols sofridos em 11 jogos
ABC - 12 gols sofridos em 14 jogos
Juventude - 11 gols sofridos em 9 jogos
Atlético-GO - 11 gols sofridos em 9 jogos
Guarani - 11 gols sofridos em 9 jogos
Vitória - 11 gols sofridos em 11 jogos